让研究更开放：Zenodo 与 GitHub 的完美搭档

作者: wingwy 发表于:2024年12月17日 134 次浏览, 没有评论 »

近年来，学术出版界的风向逐渐转变：越来越多的期刊要求开放研究（Open Research）。这意味着，研究论文不仅要公开思想与成果，背后的代码与数据也需要一并公开（强制性的），以促进科研的透明性与可复现性。

在众多工具中，Zenodo 和 GitHub 成为研究者们的两大热门选择。虽然两者都能用于存储与分享研究成果，但它们的核心功能、目标用户和使用场景却有着明显的不同。理解两者的特点，甚至巧妙结合它们，将大大提升你的科研工作流。

Zenodo：科学研究的档案馆 Zenodo 更像是一座专为科学研究设计的档案馆，是存储和发布研究数据、软件、出版物等科研成果的理想平台。

核心功能：Zenodo 提供永久 DOI（数字对象唯一标识符），让数据和研究成果能够被准确引用，并保证长期可用。 适用场景：适合存储各种文件格式，包括大型数据集，并支持研究数据的版本控制（尽管不如 Git 强大）。 专业性：与 OpenAIRE 和 DataCite 等科研基础设施集成，便于数据发现与传播，是科研数据管理的专业平台。

优点：

提供 DOI，方便学术引用。
支持大型数据集的存储和长期保存。
与其他科研平台无缝集成，促进开放研究生态。

局限：

版本控制功能不如 GitHub 强大。
社区活跃度相对较低。
主要面向研究数据，协作开发不够便利。

总结：如果你的研究重在数据存档、发布和长期引用，Zenodo 是最适合的选择。

GitHub：代码协作的舞台 相比之下，GitHub 是一座活力四射的代码舞台，是全球开发者与研究者们协作开发的乐园。

核心功能：GitHub 依托于强大的 Git 版本控制，提供问题追踪、代码审查、持续集成/持续部署（CI/CD）等功能，尤其适合代码、文档和小型数据集的协作开发。 适用场景：软件开发、代码共享、开源项目，以及数据分析代码的管理。 专业性：作为行业标准，GitHub 在软件开发领域具有无可争议的地位，是代码共享与协作开发的首选平台。

优点：

功能强大，适合团队协作和开源开发。
社区活跃，易于获得反馈和支持。
版本控制强大且灵活。

局限：

对大型数据集（数 GB 以上）的存储和版本管理不太理想。
主要面向代码开发，数据长期保存和 DOI 支持并非其核心目标。

总结：如果你的重点是代码开发与协作，GitHub 无疑是最佳工具。

Zenodo + GitHub：巧妙结合，实现双赢 事实上，Zenodo 和 GitHub 并非非此即彼。它们的结合使用，可以充分发挥各自的优势，助力你的科研成果最大化传播。

一个常见的工作流程是：

在 GitHub 上进行代码开发与版本管理。
开发完成后，将发布版本和相关数据存档到 Zenodo，从而获得永久 DOI，方便引用与长期保存。

这种模式既能借助 GitHub 的强大协作能力，也能通过 Zenodo 确保科研数据的长期可用性与学术影响力。

开放研究：科学更开放，成果更长久 在开放科学的时代，选择合适的工具让数据与代码“各归其位”，既是对同行的尊重，也是对自身研究成果的保护与推广。Zenodo 与 GitHub 的不同之处，让我们能够根据研究的不同阶段与目标，灵活组合，推动科研走向更开放、更可复现的未来。

所以，下次写完代码或整理数据时，不妨想想： “它们的归宿在哪里？”

AI时代的开放研究：新机遇与新挑战 最后，ChatGPT 一类的 AI 工具越来越流行，杂志和科研界对此的接受度也越来越高（比如下面的一篇文章致谢部分）。开放研究结合 AI 也带来了新的机遇与挑战：如何在鼓励开放研究和利用 AI 优势的同时，规范 AI 的使用，确保研究的可靠性和完整性，是科研界需要共同思考和解决的问题。AI 工具的高效与便捷固然令人兴奋，但科学的严谨性与透明性，依然是我们必须坚守的底线。